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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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Data corrente: |
28/04/2021 |
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Data da última atualização: |
28/04/2021 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
CORNACINI, M. R.; MANOEL, R. O.; ALCANTARA, M. A. M.; MORAES, M. L. T.; SILVA, E. A. A.; PEREIRA NETO, L. G.; SEBBENN, A. M.; ROSSINI, B. C.; MARINO, C. L. |
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Afiliação: |
MAIARA R. CORNACINI, UNESP, Botucatu-SP; RICARDO O. MANOEL, UNESP, Botucatu-SP; MARCELO A. M. ALCANTARA, UNESP, Botucatu-SP; MARIO L. T. MORAES, UNESP, Ilha Solteira-SP; EDVALDO A. A. SILVA, UNESP, Botucatu-SP; LEONEL GONCALVES PEREIRA NETO, CNPASA; ALEXANDRE M. SEBBENN, INSTITUTO FLORESTAL DE SÃO PAULO, Piracicaba-SP; BRUNO C. ROSSINI, UNESP, Botucatu-SP; CELSO L. MARINO, UNESP, Botucatu-SP. |
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Título: |
Detection and application of novel SSR markers from transcriptome data for Astronium fraxinifolium Schott, a threatened Brazilian tree species. |
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Ano de publicação: |
2021 |
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Fonte/Imprenta: |
Molecular Biology Reports, 2021. |
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ISSN: |
0301-4851 |
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DOI: |
https://doi.org/10.1007/s11033-021-06338-5 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Astronium fraxinifolium is an endangered tree species from Brazil. Due to its significance in environmental reforestation, as well as the continued exploitation of its wood, it is necessary to develop management programs that support the conservation of the species. Simple sequence repeats (SSR) or microsatellite markers are widely used in population genetic studies across a range of diverse organisms. In this study, we present the first SSR markers developed for A. fraxinifolium as well as their frequency and distribution based on transcriptome data. From transcriptome data, we identified more than 100 thousand sequences presenting microsatellites, with a predominant distribution of trinucleotide repeats. From the initial screening, we selected 20 microsatellite loci which were validated and evaluated for genetic indices in two natural populations. All loci were polymorphic, ranging from four to 11 alleles per locus. The observed and expected heterozygosities ranged from 0 to 1.0 and from 0.533 to 1.0, respectively, while the genetic differentiation (GST = 0.363) was greater within than between populations. The developed SSR loci from RNA-Seq data provides a foundation for future studies on genetic diversity and population structure, mating system, and gene flow for A. fraxinifolium populations and related species, aiming at conservation and management. |
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Palavras-Chave: |
Conservation genetics; Microsatellite markers. |
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Thesagro: |
Anacardiaceae; Astronium Fraxinifolium. |
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Thesaurus Nal: |
Conservation plants; Genetic markers; Microsatellite repeats; Population genetics. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/222904/1/mbr-2021.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Pesca e Aquicultura (CNPASA) |
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Biblioteca |
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Status |
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| Registros recuperados : 10 | |
| 2. |  | CORNACINI, M. R.; CAMBUIM, J.; SANTOS, W.; MORAES, M. L. T. de; MORAES, M. A. de; AGUIAR, A. V. de. Tamanho efetivo populacional de uma coleção de germoplasma de Jacaranda cuspidifolia MART. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 3., 2014, Santos. Anais... Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2014. CD-ROM. Resumo.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 3. | | MANOEL, R. de O.; CORNACINI, M. R.; SILVA, J. R. da; AGUIAR, A. V. de; MORAES, M. L. T. de; MARINO, C. L. Razão sexual de Astronium fraxinifolium Schott em teste de procedências e progênies. Revista RG News, v. 4, n. 3, p. 469, 2018. Edição especial dos Anais do 5º Congresso Brasileiro de Recursos Genéticos, Fortaleza, nov. 2018.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 4. | | SANTOS, W. dos; AGUIAR, A. V. de; COLETO, A. L.; CORNACINI, M. R.; ALVES, G. T. R.; SOUSA, V. A. de; MORAES, M. L. T. de. Desempenho inicial em crescimento de Cordia trichotoma em teste de progênies. In: WORKSHOP SISTEMAS DE PRODUÇÃO SUSTENTÁVEIS, 1., 2015, Andradina. Livro de resumos. Andradina: Fundação Educacional de Andradina, 2015. p. 43-44.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 5. | | CORNACINI, M. R.; SILVA, J. R. da; LUZ, K. C. da; CAMBUIM, J.; SANTOS, W. dos; MORAES, M. L. T. de; AGUIAR, A. V. de. Desbaste seletivo em teste de procedências e progênies de Astronium fraxinifolium Schott com base na variabilidade genética. Scientia Forestalis, Piracicaba, v. 45, n. 115, p. 581-591, set. 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 6. | | CORNACINI, M. R.; ALCANTARA, M. A. M.; SILVA, J. R. da; CORRÊA, A. J. M.; CAMBUIM, J.; MANOEL, R. de O.; ALVES, P. F.; ROSSINI, B. C.; AGUIAR, A. V. de; MORAES, M. L. T. de; MARINO, C. L. Florescimento em teste de procedência e progênies de Astronium fraxinifolium Schott (Anacardiaceae) em três eventos reprodutivos. In: FELSEMBURGH, C. A. (org.). A produção do conhecimento na engenharia florestal. Ponta Grossa: Atena, 2020. cap. 9. p. 82-91.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 7. | | CORNACINI, M. R.; ALCANTARA, M. A. M.; SILVA, J. R. da; CORRÊA, A. J. M.; CAMBUIM, J.; MANOEL, R. de O.; ALVES, P. F.; AGUIAR, A. V. de; MORAES, M. L. T. de; MARINO, C. L. Flowering in test of provenance and progenies of Astronium fraxinifolium Schott (Anacardiaceae) in three reproductive events. Pesquisa Florestal Brasileira, Colombo, v. 39, (nesp), e201902043, 2019. p. 512. Edição especial dos resumos do IUFRO World Congress, 25., 2019, Curitiba.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 8. | | SANTOS, W. dos; ARAÚJO, D.; TORRES-DINI, D.; CORNACINI, M. R.; SILVA, J. R. da; ZARUMA, D. U. G.; RECCO, C. R. S. B.; MORAES, M. L. T.; SOUSA, V. A. de; AGUIAR, A. V. de. Genetic divergence in Pinus caribaea var. hondurensis progeny in Brazil. In: 2014 IUFRO FOREST TREE BREEDING CONFERENCE, 2014, Prague. Book of abstracts. [S.l.]: IUFRO: Faculty of Forestry and Wood Sciences, 2014. p. 63. Disponibilizado online. P 18.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 9. | | LUZ, K. C. da; CORNACINI, M. R.; SILVA, J. R. da; BERNARDI, C. M. M.; SEBBENN, A. M.; MORAES, M. L. T. de; AGUIAR, A. V. de; ZANATA, M.; CAMBUIM, J.; MENEZES, M. L. F. Diversidade genética entre procedências Cariniana legalis a partir de caracteres de crescimento das rebrotas. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 3., 2014, Santos. Anais... Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2014. CD-ROM. Resumo.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 10. | | CORNACINI, M. R.; MANOEL, R. O.; ALCANTARA, M. A. M.; MORAES, M. L. T.; SILVA, E. A. A.; PEREIRA NETO, L. G.; SEBBENN, A. M.; ROSSINI, B. C.; MARINO, C. L. Detection and application of novel SSR markers from transcriptome data for Astronium fraxinifolium Schott, a threatened Brazilian tree species. Molecular Biology Reports, 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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